4.3 Architetture complesse
La razionalità della più antica architettura rupestre materana lascia il campo ad ambienti forniti di estese superfici parietali. Dubbia la cronologia della Cripta del Peccato Originale, aula quadrangolare con tre absidi uguali, quasi una croce greca inscritta, ma senza colonne di partizione e troppo grande per riconoscersi in questo modello planimetrico.

Con l'età tardo-gotica - fine 1300 - può ritenersi conclusa la grande stagione delle chiese rupestri materane: da quella data gli impianti o sono poco articolati o ripetono la tipologia basilicale, mentre l'impegno si concentra sulla policromia degli affreschi devozionali.

Nel 1500, per impulso dell'ideale francescano, rinascerà l'interesse per l'architettura rupestre: si riaprono chiese abbandonate e si rinnova la devozione a madonne e santi, affrescati molti secoli prima e poi abbandonati. Si scavano anche nuove chiese nel masso tufaceo ma senza pretese artistiche, come quella del Cristo la Selva del 1600.

Talvolta per modernizzare furono stravolte le strutture architettoniche del 1000 e del 1100, creando nicchioni e cappelle o sconvolgendo del tutto l'impianto, come è avvenuto per il Santuario della Madonna della Murgia nel vallone della Loe, unica chiesa nel materano a pianta inversa, cioè con l'abside posta all'ingresso. A cominciare dal 1600 le chiese rupestri, considerate umide ed inadatte come sedi parrocchiali, vennero abbandonate o sconsacrate, stravolte con tramezzi ed abitate o adibite a stalle con mangiatoie e fori nei muri per legare gli animali.